​-自然生态系统演化机理 -富营养化过程与控制 -水利水电工程对河流生态系统的塑形作用

-环境问题分子诊断技术开发与应用 -生物完整性与生态系统状况评估 -食物网结构与功能分析 -濒危物种及其栖息地保护 -水华演替、灾变及生态风险

-变化环境下河湖生态水文过程的演变机理 -生态需水计算与河湖生态调度 -河湖水文-生态-社会耦合模拟与调控 -河流自然过程恢复 -沿岸带再自然化生态修复